Будучи еще одним дополнением во франшизе «Ghost in the Shell», эта история повествует о том, как был основан Девятый отдел МВД Японии, занимающийся расследованиями, которые не способна провести полиция. Первой под начало Дайскэ Арамаки попала Мотоко Кусанаги - человеческий разум, заключённый в кибернетическое тело. Несколько позже к ним присоединились детектив полиции Тогуса и заслуженный ветеран многочисленных военных столкновений Бато.
