Главный герой – современный ОЯШ Сабуро. Он терпеть не может уроки истории и вообще не понимает, зачем знать, чем там занимались люди, жившие несколько столетий назад. Но однажды он случайно проваливается во временную дыру и отправляется прямиком в эпоху Сэнгоку, где знакомится с совсем ещё юным Одой Нобунагой – будущим великим военачальником и одной из самых влиятельных фигур японской истории. И тут выясняется, что Сабуро и Ода похожи друг на друга как близнецы.

Будучи еще одним дополнением во франшизе «Ghost in the Shell», эта история повествует о том, как был основан Девятый отдел МВД Японии, занимающийся расследованиями, которые не способна провести полиция. Первой под начало Дайскэ Арамаки попала Мотоко Кусанаги - человеческий разум, заключённый в кибернетическое тело. Несколько позже к ним присоединились детектив полиции Тогуса и заслуженный ветеран многочисленных военных столкновений Бато.